Pymol Apbs Binary Options

APBS, PDB2PQR, PyMol, VMD Inhaltsverzeichnis: Einführung in PDB2PQR Befolgen Sie die Anweisungen auf unserer Getting Structures Ready-Seite, um auf den Online-PDB2PQR-Webserver zuzugreifen. Dieses Programm ändert die pdb-Datei in das pqr-Format, fügt fehlende Wasserstoffatome, einige fehlende schwere Atome und optimiert die Proteinstruktur. Zuerst folgen Sie den Anweisungen auf dem obigen Link, um auf die PDB2PQR Website zu gehen. Sie sollten bereits eine ausgewählte Proteinform pdb. org im Auge haben. (Mein Beispiel wird mit dem Protein 2HNY) Da möchte ich meine Datei mit VMD kompatibel sein, für die beiden Einstellungen mit dem Namen Pick ein Kraftfeld zu verwenden: und wählen Sie eine Ausgabe Namensschema zu verwenden, wählen Sie die Option CHARMM (PARSE funktioniert auch ). Um mit Apbs zu laufen, müssen Sie die Einstellung in pdb2pqr ändern, um Leerzeichen zwischen Atomname und Residuename zwischen x und y und zwischen y und z einzufügen. Bei PDB2PQR löscht das Programm leider alle streuenden Liganden, die sich im Molekül befinden, Was bedeutet, dass entsprechend eine MOL2-Datei mutiert werden muss (die meisten sind auf der ZINC-Datenbank-Website verfügbar). Herunterladen einer PDB - oder PQR-Datei für Offline-APBS Nach dem Ausführen von PDB2PQR von der Website, klicken Sie auf die Datei unter Input Files, die so etwas wie 14084693082.pdb beschriftet ist (die Nummer ist unterschiedlich, aber es wird eine. pdb-Endung haben). Dieses sollte einen Download starten (es ist sinnvoll, die Datei auf 1FAS. pdb umzubenennen, weil es verwirrend wird, wenn man viele verschiedene Strings von Zahlen für verschiedene Proteine ​​hat) Jetzt sollten Sie die gleiche nummerierte Datei unter Ausgabedateien herunterladen (meine heißt 1408469302. Pqr). Dieses Mal können Sie nicht auf sie klicken (wie es nur die eine Webseite mit allen Informationen in der Datei zu bringen. Sie müssen rechts klicken und Link speichern als diese Zeit. Stellen Sie auch sicher, dass die heruntergeladene Datei endet in einem. pqr aber noch einmal Ist die Nummer nicht die gleiche wie die in diesem Bild. Die Einführung in APBS APBS ist ein nützliches Werkzeug, um das elektrostatische Feld eines Proteins zu finden. Sie müssen bestimmte Komponenten müssen in Platz für APBS zu arbeiten, einschließlich Leerzeichen müssen vorhanden sein , Um ein Protein durch APBS (online) laufen Die Schritte folgen den gleichen Schritten bei der Herstellung einer PDB2PQR Protein-Modell-Struktur, mit Ausnahme eines kleinen Unterschiedes. Klicken Sie dann auf Senden, und es wird Ihnen auf die Seite für die PDB2PQR runned Protein Hinweis: Das Entpacken der. dx. gz-Datei kann mit einem beliebigen, nicht entpackenden Programm durchgeführt werden. Klicken Sie auf OK, um fortzufahren und die APBS-Sitzung zu starten () Um APBS mit Hilfe der Befehlszeile zu starten, müssen Sie zunächst die APBS-Binärdatei von sourceforge. net/projects/apbs/ herunterladen und die neueste Python-Version herunterladen 2 Veröffentlichung (python. org/download/releases/2.7.2/ vom 8.8.2014). Warum verwenden Sie die Befehlszeile Es gibt dem Benutzer viel mehr Macht über ausführbare Funktionen, sofort entpackt die Datei, und ist ganz einfach zu bedienen. Um das Verzeichnis zu erstellen, kopieren Sie einfach C: Python27C: Python27ScriptsC: Utilpdb2pqr-windows-bin-1.9.0C: apbsbin und klicken Sie auf OK. Sie können jetzt APBS ausführen APBS über die Befehlszeile ausführen DISCALIMER: DIESES TUTORIAL VERWENDET WINDOWS-COMPUTER UND WINDOWS COMMAND PROMPT Zuerst müssen Sie vor dem Ausführen von APBS über die Befehlszeile sicherstellen, dass sich Ihre gewünschten Proteindateien im gleichen Ordner befinden Die apbs-Eingabeaufforderung. Wenn APBS korrekt heruntergeladen wird, sollte es in Ihrem C-Laufwerk () sein, wenn Sie Computer aus Ihrem Startmenü öffnen. Klicken Sie auf den APBS-Ordner, und im Ordner APBS einen neuen Ordner für alle Ihre Proteine ​​beschriften Sie den Ordner entsprechend und erinnern Sie sich den Namen des Ordners. Es ist wichtig, sich daran zu erinnern, dass, wenn Sie Protein-Dateien in den Ordner, müssen Sie sowohl die PQR sowie die entsprechende IN-Datei setzen. PQR - und IN-Dateien können vom PDB2PQR-Webserver bezogen werden. (Eine PQR-Datei ist die Information über das Protein, während die IN-Datei eine Befehlsdatei ist, die APBS mitteilt, wie die elektrostatischen Felder zu berechnen sind Die In-Datei ist für eine PQR-Datei eindeutig (da sie ihre Befehle nur einer PQR - Und enthält auch andere Informationen wie Dimensionen und Berechnungsvorgaben Beide Dateien sind erforderlich, um APBS laufen) Ein Beispiel für den pdb2pqr Webserver und die pqr und in Dateien Nun, nachdem die Ordner eingerichtet sind, können Sie die Befehlszeile öffnen. Um das Startmenü zu öffnen, geben Sie cmd. exe ein und öffnen Sie die Eingabeaufforderung das ist die Befehlszeilenausführung für APBS. Die Eingabeaufforderung sollte etwas ähnliches aussehen: Geben Sie nun Leerzeichen, cd, Leertaste, apbs und drücken Sie Enter. Sie befinden sich nun in Ihrem APBS-Ordner. Um zu Ihrem Ordner von Proteinen zu gelangen, geben Sie cd, Leerzeichen ein, geben Sie dann den ersten Buchstaben Ihres Ordnernamens ein und klicken Sie auf die Registerkarte, bis Ihr Ordnername erscheint. Dann drücken Sie Enter (Was die Tab-Taste tut, finden Sie alle Dateien, die mit den eingegebenen Buchstaben beginnen, zum Beispiel, wenn Sie i, dann Tab eingegeben haben, würde die Eingabeaufforderung nach unten gehen, alphabetisch, alle Ihre Dateien in dem Ordner, Mit i) Wenn Sie sich in Ihrem Ordner mit Ihren PQR - und IN-Dateien befinden, geben Sie den ersten Buchstaben der gewünschten IN-Datei ein, indem Sie die Registerkarte Shortkey (wie oben erwähnt) verwenden. Das ist sehr wichtig apbs braucht nicht die PQR-Datei, es braucht die IN-Datei zu bedienen. Sobald Sie Ihre IN-Datei gefunden haben, drücken Sie enter und APBS wird seine Berechnungen ausführen und eine DX-Datei (Datei mit elektrostatischen Feldern Koordinaten) in Ihrem Ordner speichern. Sie sind fertig mit APBS Potenzielle Speichergröße und Dime-Wert Probleme Sie können die Dime-Werte finden, indem Sie die Eingabedatei (.in). Sie können die DIME-Werte einer APBS-Datei ändern, indem Sie einen Texteditor bearbeiten und die Standardwerte manuell ändern. Das obige Bild zeigt eine. in-Datei, die nach dem Ausführen von PDB2PQR auf dem gewünschten Protein erhalten werden kann. Dime-Werte sind die Dimensionen für das XYZ-Raster für das Protein. Jeder Rasterpunkt benötigt ungefähr 160B Speicher und um die Gesamtzahl zu erhalten, wenn Rasterpunkte die x, y, z Rasterelemente multipliziert werden. Der Multigitter-Solver iteriert über all diese Elemente, um das elektrostatische Potential an jedem dieser Orte zu finden. Die Standard-Dime-Werte in PDB2PQR basieren auf der Größe des Proteins. Um auf DIME-Werte zu expandieren, da ein Computer nur 1s kennt und die 0s-Konvention verwendet wird, um die Bits und Bytes im Speicher zu codieren und zu decodieren, wird dies oft als Typsystem bezeichnet. Ein 8-Bit-Byte hat acht Slots für ein Bit (1 oder 0), wenn man nur positive Zahlen berücksichtigt, kann es einen Wert zwischen 0 (00000000) und 281 (11111111) halten, was 255 ist (obwohl 28 256 ist, Und wir müssen einen subtrahieren, weil 0 einen Slot einnimmt). Das Problem ist, dass APBS eine signierte Ganzzahl in der Version 1.4 verwendet, um die Gesamtzahl der Elemente zu speichern. Wenn die Summe größer als 2 (n - 1) - 1 ist, wobei n die Breite der ganzen Zahl ist (in unserem Fall ein 32 Bit breites int, also 2 (n - 1) 2.147.483.648), dann ist die Zahl übergelaufen und sieht negativ aus Nummer. APBS und Visualisierung Das benötigte Protein für dieses PyMol-Tutorial (1FAS a. k.a Fasciculin-1). Fasciculin-1 ist eine Acetylcholinesterase (diese Verbindung beendet die Kommunikation zwischen den Muskelzellen) Inhibitor im Gift der grünen Mamba gefunden. Dadurch kann das Aktionspotential ungeklärt werden, was kleine unwillkürliche Muskelkontraktionen verursacht (es lähmt das injizierte Subjekt). Zum Einrichten des Moleküls folgen Sie der Einführung in die PDB2PQR-Anweisungen oben. 14.Januar 2007: Aktualisierte PyMOL 0.99rev8 Executable Builds wurden zum Herunterladen von aktuellen PyMOL-Abonnenten gebucht. Der Open-Source-Code für 0.99rev8 ist die Version 2805 des Zweigs b099 im SVN-Repository. Aktualisiert Nur pädagogisch nutzbare PyMOL-Builds stehen ab sofort kostenlos zur Verfügung für Lehrer und Vollzeitstudierende. 1. November 2006: DeLano Scientific LLC bewegte sich Die neue Büroadresse lautet: DeLano Scientific LLC Suite 541-F Cowper St. Palo Alto, CA 94301-1803, USA Bitte benutzen Sie die oben genannte Adresse für Fedex, DHL und andere private Kurierdienste . Für U. S. Mail und internationale Postdienste verwenden Sie bitte: DeLano Scientific LLC P. O. Box 1118 Palo Alto, CA 94302-1118, USA Aktualisierte Kontaktdaten: Geschäft: 1-650-283-6945 Fax: 1-650-989-4082 Zelle: 1-650-346-1154 - für PyMOL Support-Abonnenten Open-Source Entwickler nur am 1. September 2006: Erfahren Sie mehr PyMOL bei der American Chemical Society Meeting Lead Der PyMOL-Entwickler Warren L. DeLano hält eine informelle PyMOL-Demonstration, Schulung und Benutzergruppentreffen auf dem Stand 327 der ACS National Exposition in San Francisco , 11.-13. September. Bitte halten Sie an Ihrer Bequemlichkeit an 1. August 2006: DeLano Scientific hat ein kontrolliertes Zugangs-Download-System für unsere aktuellsten vorkompilierten PyMOL-Builds (einschließlich Betas) eingeführt. Der Zugang zu diesen praktischen und ablauffähigen ausführbaren Dateien wird nur auf Projekt-Sponsoren beschränkt. Nicht-Sponsoren können selbstverständlich weiterhin den aktualisierten Open-Source-Code ohne zusätzliche Kosten kompilieren (andere Zeit und Mühe) oder unsere älteren vorkompilierten Builds verwenden. Wenn Sie ein aktueller PyMOL-Abonnent sind und Ihre neuen Anmeldedaten noch nicht erhalten haben, senden Sie eine E-Mail an salesdelsci mit Ihrer letzten Rechnungsnummer und dem Abonnement-Ablaufdatum. Wir werden Ihnen dann umgehend Ihre aktualisierten Download-Anmeldeinformationen zusenden 1. Juli 2006: Operations Manager Jon iLam hat ihre Zeit mit dem Unternehmen abgeschlossen und nimmt den nächsten Schritt in ihrer Karriere. DeLano Scientific dankt ihr für ihren Beitrag zum PyMOL-Projekt und wünscht ihr Glück in der Zukunft 6. Februar 2006: PyMOL v0.99 Release-Kandidaten sind aus Laden Sie eine vorkompilierte ausführbare Datei für Windows, Mac, Linux, IRIX oder Solaris herunter oder kompilieren Sie die Open-Source-Code. 5. Februar 2006: DeLano Scientific gibt die sofortige Verfügbarkeit des MacPyMOL Universal Binary für Intel / PPC Macs bekannt und veröffentlicht verschiedene Benchmarks, die zeigen, dass PyMOL auf einem Einstiegs-iMac Core Duo wie auf einem viel teureren Dual-Prozessor Opteron fast so schnell läuft Linux-Arbeitsstation. 9. Januar 2006: PyMOL 0,99 wird bald veröffentlicht Bitte testen Sie die neueste Version 0.99 Beta und geben Sie sofortige Rückmeldung über alle ernsthaften Probleme, die Sie treffen, damit sie vor dem offiziellen Release korrigiert werden können. 21. Oktober 2005: Aktualisierte Informationen zum Kauf von Stereo 3D Hardware Displays finden Sie hier. Oktober 19th, 2005: Apple veröffentlicht die ersten PowerMacs, die Stereo 3D in einem Fenster unterstützen. MacPyMOL-Builds, die diese Fähigkeit voll ausschöpfen, sind nun verfügbar. 18. Juli 2005: Sequenz zur Strukturierung (S2S): Darstellung, Manipulieren und Zusammenschalten von RNA-Daten aus der Sequenz zur Struktur (Fabrice Jossinet) - Ein neues Java-Tool, das PyMOL für die molekulare Visualisierung nutzt. 2. Mai 2005: PyMOL v0.98 wurde veröffentlicht. Klicken Sie hier, um einen vorkompilierten PyMOL Executable Build (Windows, Mac OS X, Linux, IRIX oder Solaris) von DeLano Scientific LLC herunterzuladen. 28. März 2005: PyMOL S. F. Bay Mailing List: Sind Sie lokal in der San Francisco Bay Area Wenn ja, dann abonnieren Sie bitte die Yahoo pymol-sfbay Mailing-Liste, um von lokalen PyMOL Veranstaltungen benachrichtigt werden. 16. Februar 2005: Das PyMOL Wiki Goes Live Vielen Dank an Jason Vertrees für die Erstellung dieser wichtigen Community-Ressource für PyMOL-User. 10. Februar 2005: Bewertung: DeLano W. L. Der Fall für Open-Source-Software in Drug Discovery. Drug Discovery Heute, 10, 213-217 (2005) ist jetzt online verfügbar über ScienceDirect. Kein Abonnement Abdruck von einem Autor anfordern 14. Januar 2005: PyMOL Version 0.98 steht kurz vor der Fertigstellung Wenn Sie noch keine der neusten 0.98 Betaversionen ausprobiert haben, dann melden Sie sich bitte so bald wie möglich und geben Sie uns Feedback. Builds sind für Windows, Linux und IRIX sowie für Mac OS X verfügbar. Oder Sie können einfach die aktuelle Quelle aus CVS ziehen. 13. Januar 2005: Stereo 3D Materie für Sie DeLano Scientific LLC sammelt virtuelle Unterschriften per E-Mail von denen, die auf OpenGL Stereo 3D-Visualisierung verlassen. Warum Apple nicht in der TIGER-Industrie einheitliche Stereo-3D-Systeme (in einem Fenster) implementiert hat, deren neues MacOS X Release 10.4, obwohl jede andere große Plattform diese Funktion bereits unterstützt. Wir werden per E-Mail an Apple-Management jede E-Mail, die wir zu diesem Thema erhalten, vor dem 1. Februar übergeben, um zu unterstreichen, wie viel dieses Merkmal heute für Wissenschaftler und Ingenieure wichtig ist. Klicken Sie hier, um die vollständige Petition zu lesen und zu antworten. Vielen Dank 12. Januar 2005: DeLano Scientific LLC kündigt offiziell die Eröffnung seines Büros in South San Francisco an Bitte vereinbaren Sie einen Termin, um für das Mittagessen zu stoppen, wenn Sie in der Stadt sind Gut bald halten regelmäßige Benutzer Sitzungen und Schulungen für lokale PyMOL Benutzer und out-of Mitgliedes und nicht die von TripAdvisor LLC. 15. Juli 2004: Open-Source PyMOL 0.97 wurde für alle Plattformen veröffentlicht. Diese Version adressiert einen ernsthaften Fehler in der Version 0.96 Sequenz-Viewer und enthält zwei nützliche neue Plugins, für APBS Elektrostatik Berechnungen und direkte PDB-Download. 14. Juli 2004: Einige Benutzer haben die neue Plugin-Schnittstelle in PyMOL 0.96 entdeckt. Fühlen Sie sich frei, Ihre eigenen zu schreiben, und reichen sie für die Aufnahme auf der neuen Plugins page. July 12, 2004: Open-Source PyMOL 0.96 wurde für alle Plattformen veröffentlicht. Neue Features sind: 3. Mai 2004: Luca Jovine veröffentlicht NUCCYL 1.4 für PyMOL. April 3, 2004: PyMOL 0.95 wurde für alle Plattformen veröffentlicht. Eine offizielle Version 0,95 des MacPyMOL Incentive-Produkts für OS X steht ebenfalls zum Download zur Verfügung. Neue Funktionen beinhalten: (3/22/2004) Aktualisierte Beta-Testversionen von PyMOL 0.95 für Windows, SGI / IRIX und Linux sowie das native MacPyMOL Incentive-Produkt für OS X stehen zum Download zur Verfügung. (3/6/2004) Aktualisierte Beta-Testversionen von PyMOL 0.95 für Windows und Linux sowie das native MacPyMOL Incentive-Produkt für OS X stehen zum Download zur Verfügung. Wie immer, bitte Vorsicht bei Testversionen. (2/5/2004) Sponsoren und Interessenten, die Mac OS X betreiben, können nun Beta-Versionen des MacPyMOL Incentive-Produkts von DeLano Scientific herunterladen (zuletzt aktualisiert 21.02.2004 - Richter, was denkst du). Synchonisierte Beta-Builds der Open-Source-Äquivalente für Windows und Linux sind ebenfalls verfügbar (nur Standalone-Builds). Wie immer, bitte Vorsicht bei Testversionen. (01.11.2003) PyMOL 0.93 wurde für Windows freigegeben. Linux. G4 Macs. G5 Macs. SGIs. Sonnenuntergänge. Und als Quellcode. Diese Version behebt mehrere Probleme, die sofort offensichtlich wurden mit letzten Wochen 0.92 Release (siehe unten für neue Funktionen in diesem Release). (10/27/2003) PyMOL 0.92 wurde für Windows freigegeben. Linux. G4 Macs. G5 Macs. SGIs. Sonnenuntergänge. Und als Quellcode. Es gibt auch spezielle RedHat RPMS - und Windows-Binärdateien, mit denen Sie pymol aus einem externen Python-Code importieren können, um PyMOL als einfaches Viewer-Modul verwenden zu können. (9/5/2003) PyMOL 0.91 mit Demonstrationen wurde für den Apple Power Macintosh G5 freigegeben. Diese Version enthält eine Sammlung von Echtzeit-PyMOL-Animationen, die die Leistung von Apples schnell neue Computer-System zu feiern. Jüngste Optimierungen für G5-Hardware haben die antialiierte Raytracing-Geschwindigkeit gegenüber nicht optimierten Versionen mehr als verdoppelt. Dual-Prozessor-Macintosh-Benutzer werden einen zusätzlichen 180-Boost in Rendering-Leistung von Multiprocessing zu realisieren. OpenGL, molekulare Bildhauerei und Oberflächenberechnung Code wurden alle mit Apfel fantastischen CHUD Tools abgestimmt, um maximale Leistung auf Apple-Hardware zu liefern. Aktuelle Power Macintosh G4 Benutzer profitieren von vielen dieser Tweaks sowie. (6/30/2003) PyMOL 0.90 wurde für Windows (7.5 MB), Linux (9.3 MB), OS X (20.9 MB) und IRIX (10.2 MB) freigegeben. Zusätzlich zur Fehlerbehebung in Version 0.88 unterstützt PyMOL 0.90 ein schnelleres Rendering, schnellere Teilflächenberechnungen und Multiprocessing. Klicken Sie hier für weitere Download-Optionen. (6/9/2003) PyMOL 0.89 wurde für Windows freigegeben (nur). Dies ist eine Bug-Fix-Version. Die vorherige Version war nicht in der Lage, Session-Dateien zu lesen, die von selbst unter Windows geschrieben wurden. Version 0.89 leidet nicht an diesem Problem. (6/1/2003) PyMOL 0.88 wurde für Windows, Linux, OS X und IRIX freigegeben. Viele neue Features - aber seien Sie gewarnt, dass neue Dokumentation ist minimal Check out der aktualisierten Demonstrationen für eine schnelle Tour. (4/18/2003) Beschleunigte OpenGL Hardware-Empfehlungen (aktualisiert am 30.04.2003): Da wir vor kurzem unsere Entwicklungssysteme aktualisiert haben, hatten wir eine Chance, einige spannende neue Grafik-Hardware zu erhalten und zu testen. So können wir jetzt die folgenden Bestätigungen liefern : Für die monokulare Visualisierung unter Windows empfehlen wir die ATI Radeon 9700 Pro (ca. 400). Dies ist bei weitem der schnellste OpenGL-Motor, den wir je gesehen haben. PyMOL läuft. Für die Stereo-Visualisierung unter Windows, werden wir unsere Empfehlung der nVidia Quadro4 750XGL (ca. 500) neu bewerten, weil wir und andere Nutzer auf Bildstabilitätsprobleme gestoßen sind (on Nur Windows). Für die monokulare Visualisierung unter Linux empfehlen wir die ATI Radeon 8500 (ca. 200). Diese Hochleistungskarte wird nun mit voller OpenGL-Beschleunigung unter RedHat 9.0 (XFree86 4.3) unterstützt - keine manuelle Konfiguration erforderlich Für die Stereo-Visualisierung unter Linux empfehlen wir den ATI FireGL2 (ca. 600). Es ist nicht die schnellste Karte der Welt, aber es funktioniert einfach. Wenn Sie eine bessere Leistung benötigen, gehen Sie mit dem nVidia Quadro4 750XGL. Aber für Treiber-Updates vorbereitet werden. Für die Stereo-Visualisierung unter Mac OSX empfehlen wir das nVidia GeForce4 Titanium (ca. 400). Allerdings würden wir erwarten, noch bessere Leistung von der ATI Radeon 9700 (noch nicht getestet). Für die monokulare Visualisierung auf einem Laptop empfehlen wir den nVidia GeForce4 Go 460 Chip unter Windows. Jedoch erwarten wir auch hervorragende Leistung von der ATI Mobility Radeon 9000 Chip, die wahrscheinlich besser mit glatten (antialiased) Linien. Dies sind die Grafikkonfigurationen, die wir im Laufe der nächsten zwei Jahre wahrscheinlich für die Entwicklung von PyMOL verwenden werden. Daher sollten Sie den Kauf der gleichen (oder sehr ähnlichen) Hardware in Betracht ziehen, um sicherzustellen, dass PyMOL optimal auf Ihrem System läuft . Im Zweifelsfall wählen Sie ATI über nVidia. ATI ist derzeit mehr Linux-freundlich und unterstützt Hardware-Antialiasing-Linien auf den meisten ihrer Karten (wünschenswert für die Arbeit mit Elektronendichte). Wenn Sie nVidia-Karten mit Linux verwenden müssen, schlage ich vor, RedHat 7.3 - es gibt einige ernsthafte Probleme mit nVidias neuesten Treiber (1.0.4349) auf RedHat 9.0 (die mit gebrochenen C-Bibliotheken ausgeliefert). Versuchen Sie auch, nVidias nForce Chipsets zu vermeiden - dank ihrer anspruchsvollen Architektur können Sie nicht Vidia AGP Grafikkarten mit ihnen unter Linux verwenden (3/3/2003) Its für echte DeLano Scientific LLC hat begonnen Vollzeit-Entwicklung, Und Unterstützung von PyMOL. Das Projekt ist nicht mehr ein Teilzeit-Hobby, sondern die Mittel, mit denen wir den Nutzen eines Open-Source-Ansatzes für das Geschäft der wissenschaftlichen Software demonstrieren werden. PyMOLs Hauptentwickler, Warren L. DeLano, Ph. D. Hat seine Position bei Sunesis Pharmaceuticals verlassen und wird sich intensiv auf das Projekt konzentrieren, um die Dokumentation, die Benutzerfreundlichkeit, die Benutzeroberfläche und die Fähigkeiten zu erweitern, während PyMOL-Benutzer das Potenzial optimal ausschöpfen. Wenn Sie noch keine PyMOL-Lizenz erworben haben, dann tun Sie dies jetzt, um das Projekt zu diesem kritischen Zeitpunkt zu sponsern. Bitte erlernen Sie, was wir sind und fördern Sie preiswerte Open-Source wissenschaftliche Software, indem Sie uns helfen, sich selbst zu erhalten. Vielen Dank Wir freuen uns, Ihnen mitteilen zu können, dass die Wartungsverträge von PyMOL nun auch die Anwenderunterstützung beinhalten. Wenn Sie ein bestehender Lizenzinhaber sind, erwägen Sie bitte den Kauf eines jährlichen Wartungsvertrags, um Ihr Sponsoring des Projekts zu erneuern und auf dieses neue Angebot zuzugreifen. (2/14/2003) Apple Computer und StereoGraphics Corporation haben PyMOL in STEREO 3D auf einem OS X Mac in ihrem Stand auf der Jahrestagung der American Association for the Advancement of Science gezeigt. Die Version, die sie zeigen, ist Pre-Release, kann aber auf Anfrage erhalten werden. Wenn Sie ein OS X-Stereo-Hardware-Setup mit Blue-Line-Sync-Fähigkeit haben. Um ein solches Setup zu erwerben, wenden Sie sich direkt an Stereographics. (1/14/2003) Halten Sie Ihre Augen für PyMOL Cover Illustrationen in den kommenden Monaten - mehrere sind Berichten zufolge in der Pipeline. Der erste Teil des Jahres findet sich auf der Wileys Januar 2003 Ausgabe von Chembiochem. Die PyMOL-Oberflächen und Rendering in einer Abbildung verwendet. (8/8/2003) Eine voll funktionsfähige, beschleunigte Version von PyMOL für OSX Macs ist nun Realität Die neue Version X11 von Apple ermöglicht Mac-Anwendern, ihre OpenGL-Hardware unter 10.2.3 vollständig zu öffnen und damit die weite Welt von X11 zu öffnen / OpenGL-Software (wie PyMOL) für Mac-Benutzer. Folgen Sie Yuriwhos Anweisungen oder Bill Scotts Anweisungen, um PyMOL schneller auf Ihrem Mac zu erhalten. Besonderer Dank an Yuriwho und Bill für das Teilen dieser Informationen und dank der Fink Gruppe für den OSX Hafen. (WARNUNG: Eine hohe Bandbreite ist erforderlich, um die bis zu 400 MB () von Paketen, die Sie benötigen, herunterzuladen, und geben Sie sich ein paar Stunden, um die Seile zu lernen, wenn Sie neu in Fink sind (wie ich war) (1/3/2003) PyMOL 0.86 wurde mit vorkompilierten Binärdateien für Windows, Linux und IRIX freigegeben. (Python, etc.) vor dem Kompilieren von pymol, sonst youll verbringen für immer die Kompilierung dieser anderen Pakete unnötig (11/10/2002) Das PyMOL - Projekt hat einen wichtigen Meilenstein erreicht: Dank Ihrer Spenden und Lizenzeinkäufe können wir jetzt die Der erste unabhängige Auftragnehmer, der an PyMOL arbeitet Ein technischer Schriftsteller arbeitet nun in Teilzeit an dem PyMOL-Handbuch, wenn alles gut läuft, dann sollte eine verbesserte PyMOL-Dokumentation in den kommenden Monaten erscheinen (11.9.2002) Chris Oubridge und Luca Jovine haben einen PyMOL-Beispielfilm mit dem dazugehörigen PyMOL-Skript veröffentlicht (WARNING: high bandwidth required). (08.11.2002) Kristian Rother hat eine weitere hervorragende PyMOL-Seite erstellt. Es ist eine Sammlung von Tipps aus der PyMOL Mailing-Liste gesammelt. Vielen Dank Kristian, dies wird sehr helfen PyMOL Benutzer (28.10.2002) In einer aktuellen E-Mail-Austausch auf der Mailing-Liste. Warren artikuliert seine aktuelle Vision für PyMOL / iPyMOL, und seine Gedanken darüber, was es braucht, um gute Open-Source-Molekül-Modellierung Software Existenz zu bringen. (9/9/2002) Jim Hu hat eine MacOSX-spezifische Anpassung von Carly Huitemas PyMOL Tutorial erstellt. Danke Jim - Im sicher, dass Ihre Bemühungen von vielen geschätzt werden. (9/2/2002) Eine zweite Beta-Testversion der nativen, hardwarebeschleunigten MacOSX-Version von PyMOL wurde veröffentlicht. Diese Version funktioniert gut unter 10.2 sowie 10.1. Noch fehlt die Standard-Menüleiste, aber mehr der Stücke sind gefallen. WARNUNG: Dies ist fast ein 40 MB Datei Download (pymol-084beta-bin-osx. dmg. gz). (9/1/2002) Bitte lesen Sie diese wichtige Ankündigung bezüglich der Zukunft von PyMOLs. Zusammenfassend lässt sich PyMOL demnächst mit einem kostengünstigen kommerziellen Add-On, dem Incentive PyMOL (iPyMOL), verbinden, mit dem eine nachhaltige Finanzierungsquelle für alle PyMOL-Entwicklungen aufgebaut wird. Diese erweiterte Version ist nur für aktive PyMOL-Unterstützer verfügbar, einschließlich vorhandener PyMOL-Lizenznehmer. Sie können PyMOL bald unterstützen, um höhere Lizenzgebühren für iPyMOL zu vermeiden. Allerdings erwarten die Open-Source-Version von PyMOL weiterhin weit in die Zukunft zu verbessern, da es die zentrale Visualisierungs-Engine hinter iPyMOL sein wird. (8/1/2002) Für die Erörterung der allgemeinen wissenschaftlichen Themen im Zusammenhang mit PyMOL wurde eine neue Mailingliste erstellt. Die pymol-science Mailingliste PyMOL-Sci wird die molekulare Modellierung, die Röntgenkristallographie, die Computerchemie, die Informatik, Strukturanalyse und alle anderen Bereiche, in denen PyMOL hat einige Nutzen. Die Liste wird auch wissenschaftliche Software-Bedürfnisse und verfügbare Lösungen umfassen, die über PyMOL hinausgehen. Unterdessen wird die pymol-Benutzer-Mailingliste PyMOL weiterhin ein hoch konzentriertes Forum für den Austausch von Tipps, wie mit PyMOL effektiver zu nutzen. (7/18/2002) Die Mailingliste der PyMOLs-Nutzergruppe erreicht mittlerweile 200 Abonnenten Es gibt doppelt so viele PyMOL-Nutzer wie vor sechs Monaten, und gemeinsam bauen wir über die Mailingliste eine aktive Peer-to-Peer-Support-Community auf. Kommen Sie in die Open-Source-molekulare Software Revolution teilnehmen (6/27/2002) Eine schmerzlose PyMOL Installation für Linux kann hoffentlich mit einer speziellen Version 0.83 Version erreicht werden. Folgen Sie diesem Link, um pymol-083-bin-linux-libc6-i386.tgz herunterzuladen tar - zxvf pymol-083-bin-linux-libc6-i386.tgz, um das pymol-Verzeichnis zu erstellen. Cd pymol ./setup. sh, um pymol zu erstellen. ./pymol, um PyMOL als Test zu starten. Erfolgreich dann Link oder Kopieren von pymol in pymol in einem bin-Verzeichnis in deinem Pfad (zB HOME / bin): cp pymol HOME / bin / pymol Du solltest nun PyMOL von jedem beliebigen Ort aus starten können. (20.06.2002) Ein kurzes PyMOL Tutorial wurde von Carly Huitema vorbereitet. Vielen Dank Carly (die Master-Kopie kann bei Tripod gefunden werden, aber Vorsicht vor lästigen Pop-up-Anzeigen.) (6/16/2002) Version 0.82 wurde veröffentlicht Relativ zu 0.80, ist dies meist eine Bug-Fix und kleinere Verbesserungen Release, Aber es gibt ein paar neue Funktionen, wie zum Beispiel Kreuzaugen-Stereo und einige zusätzliche Operatoren in der Auswahlsprache (innerhalb / von, Gegenwart, Zustand). Binaries stehen für Windows, Linux und IRIX zur Verfügung. Hoffentlich folgt bald der native MacOSX-Port. (6/10/2002) Hardware Stereo 3D unter Linux Ich habe persönlich bestätigt, dass PyMOL gut mit Quad-Puffer Hardware-Stereo unter Linux. So kann ich nun die folgende Konfiguration empfehlen, die auch mit der absoluten neuesten Version von O (8.0.8) gut funktioniert: Linux RedHat 7.1 ATI FireGL2 (leider teuer und jetzt nur bei Sonderbestellung). Genaue Treiber: fgl23glk-glc22-4.0.3-1.9.7.i586.rpm fgl23ddx-glc22-4.0.3-1.9.7.i586.rpm ati / support / drivers / firegl / linux / cert / linuxfiregl4certx403197.html Andere Versionen Kann funktionieren, aber das sind die einzigen RPMs, die in meinen Händen funktionierten. Erschwingliche Emitter und Gläser finden Sie bei nuvision3d. Eine ungetestete Grafik-Alternative wäre, eine Radeon 8500-Karte mit dem XIG-Treiber und einem geeigneten Emitter-Adapter zu verwenden. (5/24/2002) Dank der jüngsten Unterstützung von mehreren führenden Pharma - und Genomforschungsunternehmen hat DeLano Scientific 25 des Fundraising-Ziels von 2002 für die laufende Entwicklung von PyMOL erreicht. Wenn Sie in der Lage sind, die Finanzierung zur Unterstützung offener wissenschaftlicher Software zu begehen, dann erwägen Sie bitte, Sponsor oder Lizenznehmer in den kommenden Monaten zu werden, damit wir auf dem Weg zum Ziel bleiben können, PyMOL selbstverlängernd zu machen (Kontakt: warrendelanoscientific). Mit Ihrer Hilfe wird PyMOL weiterhin als ein dauerhaftes und unabhängiges Projekt gedeihen, das von jedem in der Betrachtung von Molekülen, von High-School-Studenten bis hin zu Hochschulprofessoren und industriellen Forschern genutzt werden kann. (5/16/2002) Erste Veröffentlichung eines PyMOL-Bildes in der Natur. Hariharan Jayaram, Zenobia Taraporewala, John T. Patton, B. V. Venkataram Prasad. Rotavirus-Protein, das an Genomreplikation und - verpackung beteiligt ist, weist eine HIT-ähnliche Falte auf. Natur 417. 311 & ndash; 315 (2002). Sie verwendeten PyMOL in Verbindung mit Molscript-Bändern, um eine transparente Oberflächendarstellung zu erzeugen (Abbildung 1b). Danke für die Bestätigung (unter Strukturbestimmung und Verfeinerung) (Version vom 4.9.2002) Version 0.80 wurde veröffentlicht Weitgehend getestet, Im halten off auf den Bau von Binaries für andere Plattformen als Windows, um zu sehen, ob oder nicht Probleme Oberfläche (UPDATE: ein paar Probleme haben Oberfläche, so dass die nächste Multi-Plattform-Binär-Release wird 0,82). (3/8/2002) Eine kürzlich anonyme Frage kam in Bezug auf die Anzeige der bulgarischen Karten. Viele von Ihnen werden sicherlich erleichtert sein, das zu erfahren, ja, PyMOL kann tatsächlich Bulgarian Maps anzeigen, falls die Notwendigkeit entsteht. Korrigieren Sie einfach Ihre bulgarische Karte in png-Format, bevor Sie versuchen, diese herausfordernde Kunststück, und dann die sorgfältig ausgewählten Befehle: (20.2.2002) PyMOLs Mailing-Liste erreicht nun über 100 Abonnenten Dank jedem von euch für das Festhalten mit PyMOL durch die frühen Tage. (2/17/2002) Finanzierung über PayPal: Haben Sie über PayPal s letzten IPO gehört. PayPal bietet eine sichere Möglichkeit, Geld online zu senden. Sie können PayPal sofort versuchen, indem Sie einen PyMOL Beitrag über Kreditkarte. (2/12/2002) PyMOLs erste Titelabbildung DeLano, WL. Entschlüsselung von Hotspots in verbindlichen Schnittstellen: Fortschritt und Herausforderungen Aktuelle Stellungnahme in der Strukturbiologie 12. 14-20 (2002). Bitte senden Sie mir eine E-Mail, wenn Sie eine Kopie der PDF-Datei wünschen. (2/9/2002) Was ist molekulare Bildhauerei Die molekulare Bildhauerei ist keine realistische Simulation und beinhaltet weder Minimierung noch Dynamik. Vielmehr handelt es sich um eine iterative Beschränkungsoptimierung (wie Shake oder Rattle), die dafür ausgelegt ist, die Atomgeometrie aufrechtzuerhalten und Van-der-Waals-Überlappungen zu verhindern. Molekulare Bildhauerei ermöglicht es Ihnen, Atome und Fragmente in Echtzeit mit der Maus unter Beibehaltung chemischer Geometrien zu ziehen. Molekulare Bildhauerei erlaubt grobe molekulare Modellierung sofort auf jede Art von Struktur. Es wird wahrscheinlich für qualitative Projekte wie die medizinische Chemie-Hirnstürmung im Rahmen einer Ko-Komplex-Struktur und für die Aufstellung molekularer Geometrien für nachfolgende Berechnungen mit rigorosen externen Werkzeugen (wie GAMESS, MacroModel, MOE, ICM, CCP4, X-PLOR, CNS, usw.). Fügen Sie die folgenden Befehle in ein. pml-Skript ein: Starten Sie PyMOL, führen Sie das Skript aus dem Menü Datei aus, und klicken Sie dann mit der rechten Maustaste, um die Atome zu ziehen, oder STRG - klicken Sie mit der mittleren Maustaste, um mit dem Erstellen zu beginnen Von Wasserstoffatomen. (2/8/2002) Der neueste CCP4-Newsletter enthält einen Artikel, PyMOL: Ein Open-Source-Molecular Graphics Tool. Was eine gute Einführung in PyMOL bedeutet und aktuell ab PyMOL 0,68 liegt. (6.6.2002) Version 0.78 wurde veröffentlicht. Dies ist die erste Version von RPM-Paketen für Linux, und es ist die erste Version von PyMOL, um eine Echtzeit-molekularen Bildhauerei-Funktion enthalten. (2/2/2002) Eine Erinnerung für MacOS-X-Benutzer: Die von Michael Love verwaltete GNU / Darwin-Version von PyMOL ist immer noch die einzige funktionierende Version von PyMOL für den Mac. Allerdings habe ich endlich einen Hardware-Sponsor gefunden, um den nativen Port zu aktivieren, und er sollte in den nächsten 2-3 Monaten verfügbar sein. (18.10.2001) Low-Cost-Stereo-Grafiken (lt200) auf einem Windows-PC ist erreichbar, wenn Sie eine nVidia GeForce2 oder 3 mit Stereobrille haben. Weiterlesen. (17.10.2001) Eine PyMOL-Mailingliste wurde erstellt. Melden Sie sich an, wenn Sie Mitglied der PyMOL-Benutzergruppe sein möchten. (08.10.2001) Apples Wissenschaft und Technologie-Gruppe veröffentlicht eine kurze zweiseitige Geschichte über PyMOL und andere Kristallographie-Programme, die auf Mac OS X mit GNU / Darwin laufen. Eine schnellere (OS X native) Version von PyMOL wird in Kürze verfügbar sein, aber Sie sollten die GNU / Darwin Version von PyMOL jetzt herunterladen und starten. Da Teile davon sowieso benötigt werden. Zurück Copyright copyright 2002 DeLano Scientific. All rights reserved. Calculating Electrostatics Adaptive Poisson-Boltzmann Solver (APBS) is a software package for modeling biomolecular solvation by solving the Poisson-Boltzmann equation (PBE). The PBE is a popular continuum model used to describe electrostatic interactions between solutes in salty, aqueous media. Continuum electrostatics plays an important role in several areas of biomolecular simulation, including: Simulation of diffusional processes to determine ligand-protein and protein-protein binding kinetics, Implicit solvent molecular dynamics of biomolecules, Solvation and binding energy calculations to determine ligand-protein and protein-protein equilibrium binding constants and aid in rational drug design, and Biomolecular titration studies. APBS was designed to efficiently evaluate electrostatic properties for such simulations for a wide range of length scales to enable the investigation of molecules with tens to millions of atoms. We also provide implicit solvent models of nonpolar solvation which accurately account for both repulsive and attractive solute-solvent interactions. How to calculate Electrostatics: After you have set up your structures through the Getting Structures Ready page, you will see a link to run your results with the APBS web solver. Follow that link and you will be directed to the APBS web page. Press Launch to run APBS using the input file generated by the PDB2PQR web server, or click on the check box to see the advanced options (shown below). Command Line Using the APBS input file generated by PDB2PQR (either through the command line or downloaded from the web server), you can run APBS directly from the command line as follows: PyMOL APBS plugin The PyMOL molecular graphics software package can both run APBS and visualize resulting electrostatic potentials. Below are instructions for performing a basic demonstration of how to go from a PDB entry to a plot of structure and potential in PyMOL using APBS. Generating the PQR Generate the PQR file using the steps outlined in Getting Structures Ready Well continue the example with fasciculin-2 (PDB ID 1FAS), a snake neurotoxin which binds the negatively-charged acetylcholinesterase. Load the PQR file you created into PyMOL (File Open) and choose your favorite graphical representation of the molecular structure. Performing the electrostatics calcuation Go to the Plugin APBS Tools to open the APBS calculation plugin. Under the Main tab of the PyMOL APBS Tools window, select Use another PQR and either browse to (via the Choose Externally Generated PQR: button) or input the path to your PQR file. This step is necessary to ensure you use the radii and charges assigned by PDB2PQR. Under the APBS Location tab of the PyMOL APBS Tools window, either browse to (via the APBS binary location: button) or input the path to your local APBS binary. It is not necessary to provide a path to the APBS psize. py binary for most biomolecules. Under the Temporary File Locations tab of the PyMOL APBS Tools window, customize the locations of the various temporary files created during the run. This can be useful if you want to save the generated files for later use. Under the Configuration tab of the PyMOL APBS Tools window, hit the Set grid to set the grid spacings. The default values are usually sufficient for all but the most highly charged biomolecules. Under the Configuration tab of the PyMOL APBS Tools window, customize the remaining parameters the defaults are usually OK. Under the Configuration tab of the PyMOL APBS Tools window, hit the Run APBS button to start the APBS calculation. Depending on the speed of your computer, this could take a few minutes. The Run APBS button will become unselected when the calculation is finished. Note that 0.150 M concentrations for the 1 and 1 ion species are often useful to ensure that electrostatic properties are not overly exaggerated.